Historia

Tres años han transcurrido desde la caída del meteorito, Reeve junto a su ejército WRO intenta recomponer la situación del planeta que goza de un periodo de paz y armonía. Esta armonía se verá interrumpida por un ataque a la ciudad de Kalm, donde se encontraba nuestro héroe Vincent Valentine, el ataque consta en capturar a los habitantes de dicho lugar en grandes contenedores que son llevados por helicópteros hasta las profundidades del DeepGround, lugar de procedencia del ejército atacante Deep Ground Army. Allí son ejecutados en una gran fuente de Flujo de vida (Lifestream) con el fin de despertar a la última arma OMEGA.

Vincent se ve inmerso en dicha batalla intentado ayudar a los habitantes de Kalm, allí se topa con Azul y Shelke, quienes indagan a Vincent sobre el paradero de la Protomateria; la llegada del ejército WRO y de Reeve al lugar apresuran la partida de estos enigmáticos personajes, que prometen volver a verse en su camino. Reeve pide ayuda a Vincent para combatir esta nueva amenaza que azota a las ciudades.

A lo largo de la aventura Vincent es perturbado por recuerdos de su pasado como miembro de los Turks (grupo de elite de la compañía Shinra) y su desempeño como guardaespaldas de Lucrecia Crescent. Así como también descubre que detrás de las acciones de los DeepGrounds se esconde la perversa mente de Hoyo.