Historia

La película se desarrolla dos años después de los sucesos ocurridos en el videojuego. Cloud, el protagonista, vive solo en la ciudad de Midgar, que tras la caída de Meteorito ha quedado vacía debido a la contaminación de mako y los daños estructurales, de manera que los supervivientes construyeron una nueva ciudad en el borde de Midgar llamada Edge (Edge significa borde en inglés). Cloud vive con Tifa en El Séptimo Cielo (bar propiedad de Tifa) aunque con el tiempo se ha ido distanciando y ha acabado residiendo en la iglesia de Aeris (o Aerith Gainsborough), quien fue algo más que una amiga para él, pero que murió en el juego a manos de Sephirot al sacrificarse para que Sagrado pudiera actuar y detener a Meteorito. A pesar de haberse sacrificado, Cloud se hecha la culpa de no haber podido evitar que Aeris muriera lo cual lo mantiene sumido en una especie de depresión. Cloud al igual que Denzel, un huérfano que encontró enfrente de su iglesia y que adoptaron el y Tifa, se ve afectado por una extraña enfermedad, el Geostigma, producida por las células de Jénova que se diseminaron en la Corriente Vital a pesar de que ésta fuera derrotada por Cloud y compañía al final de Final Fantasy VII.

Los Turcos son enviados al Cráter del Norte, donde Cloud y sus amigos derrotan a Sephiroth dos años atrás, encuentran la cabeza de Jénova, un ente extraterrestre que llegó al planeta dos mil años antes y que causó la casi completa extinción de la raza de los Cetra o Ancianos. En el pasado fue encontrada por Shinra (Shin-Ra en la versión japonesa) y confundida con una Cetra, siendo utilizada para diversos experimentos. Entre ellos destaca Sephiroth, creado al inyectar células de Jenova a un embrión que era el hijo del científico Hojo y Lucrecia. Luego pasó a formar parte de SOLDADO (SOLDIER), la fuerza guerrera élite de Shinra. Mientras los Turcos buscan en la caverna, son atacados por una banda de poderosos oponentes que casi logran apoderarse de los restos de Jénova pero que Reno logra salvar. Elena y Tseng son tomados como rehenes.

A pesar de que Cloud deja de vivir con Tifa y los niños (Denzel y Marlene), sigue trabajando como repartidor, hasta que un día Tifa contacta con él para informarle de que Reno, uno de los Turcos, lo ha llamado para hacerle un encargo. Es entonces cuando Cloud, mientras se dirige a "Healin Lodge", es atacado por tres personas desconocidas de mucho parecido entre ellos. Éstos son Kadaj, Loz y Yazoo, que más adelante se revelan como el espíritu de Sephiroth, que no pasó a formar parte de la corriente vital y que se manifiesta físicamente en forma de trinidad. Los tres jóvenes están buscando a Jénova para llevar a cabo una nueva Reunión. Necesitan las células de Jénova para volver a formar a Sephiroth a partir de su espíritu. Cloud logra salvarse y llega con Reno. Es aquí cuando le revelan a Cloud que Rufus, el nuevo presidente de Shinra, no murió en el ataque a Midgar por parte de Arma dos años atrás como todos creían, y que está en silla de ruedas e infectado de Geostigma.

Tifa y Marlene, la hija adoptiva de Barret, que reside con Tifa (y con Cloud antes de que se fuera), ya que Barret está buscando fuentes de energía alternativas al Mako, van a la iglesia de Aeris para buscar a Cloud. No lo encuentran pero se dan cuenta de que está infectado de Geostigma (la marca de la enfermedad la esconde bajo la manga de su camisa). En esto, Loz llega a la iglesia y se enfrenta a Tifa. Después de un duro combate, en el que Tifa lleva la ventaja durante buena parte de él, Loz la derrota dejándola inconsciente, robándole la materia de Cloud y secuestrando a Marlene. Mientras tanto, Yazoo se encuentra en Edge reuniendo a los niños con Geostigma y llevándoselos, incluido Denzel, y al mismo tiempo Kadaj se encuentra en Healin Lodge explicándole a Rufus su objetivo y amenazándolo con que si no le entrega a Jénova, va a seguir torturando a Elena y a Shion.

Cloud va a la iglesia y encuentra a Tifa inconsciente entre las flores. Mientras se pregunta sobre lo que sucedió, el Geostigma hace que Cloud se desmaye. Al despertar se encuentra en su casa en Edge junto con Tifa, Reno y Ruda. Convencen a a Cloud para ir hacia la Ciudad de los Ancianos, donde Kadaj ha reunido a los niños afectados de Geostigma para llevar a cabo la Reunión con las células de Jénova que tienen cada uno de ellos..

Al llegar Cloud se da cuenta de que Kadaj logra controlar a los niños infectados con Geostigma y entra en una batalla contra el trío. Finalmente, es salvado por Vincent Valentine, un amigo del pasado. Vincent le explica a Cloud el verdadero objetivo de Kadaj y la verdad del Geostigma. Según Vincent, el Geostigma se produce por la reacción que tiene la Corriente Vital del propio cuerpo de los afectados para combatir las células de Jénova. También le dice a Cloud que salvó a Elena y a Tseng después de que fueran torturados. Marlene que había logrado huir aparece y convence a Cloud de ir a ayudar a los demás a Edge.

Mientras tanto en Edge, Loz y Yazoo se encuentran a punto de derrumbar el monumento de Shinra en conmemoración de los supervivientes de la Caída del Meteorito dos años antes. Puesto que es de Shinra, la banda cree que ahí se encuentra la cabeza de Jénova y están dispuestos a derribarlo para encontrarla. Al mismo tiempo, Kadaj se encuentra en el último piso de un edificio en construcción con Rufus. Kadaj invoca a Bahamut SIN para atacar Edge y destruir el monumento. Tras esto Loz y Yazoo combaten contra Reno y Ruda. En ese momento llegan antiguos compañeros de Cloud y Tifa a ayudar: Cid, Yuffie, Red XIII (Nanaki), Cait Sith, Barret y Vincent. Posteriormente llega Cloud y derrota a Bahamut SIN con la ayuda de todos sus amigos.

En el otro lado de la ciudad, Rufus se levanta y se revela y le muestra a Kadaj el contenedor con la cabeza de Jénova. Rufus lanza el contenedor y este se precipita cayendo hacia la calle, pero Kadaj lo coje al vuelo y escapa por una carretera en construcción. Cloud los persigue y empieza una increíble batalla sobre motocicletas. Cloud gana la batalla contra Loz y Yazoo y Reno y Ruda se encargan del resto.

Cloud va por Kadaj, llegando así a Midgar. En la iglesia de Aerith tienen un pequeño enfrentamiento. Se descubre que las flores crecen allí por la presencia de una fuente natural de corriente vital, y esa propia corriente vital emerge y empieza a caer en forma de lluvia (referencia directa al límite de nivel 4 de Aerith en FFVII, llamado Gran Evangelio). Cloud escucha una voz familiar y sale a cazar a Kadaj. Tienen un gran combate en el que Cloud completa la espada, convirtiéndola en "First Sword" (Primera espada) y consigue la victoria. Es entonces cuando Kadaj decide terminar con todo y se une con los restos de Jénova, para así formar a Sefirot.

Sefirot le revela a Cloud su verdadero objetivo: Cuando alguien muere por el Geostigma, su espíritu queda fluyendo en el planeta en forma de una especie de Corriente Vital "oscura". Si suficiente gente muere por esto, Sefirot podría controlar el flujo de Corriente Vital del planeta y, por lo tanto, el movimiento del mismo planeta. Sefirot pretende usar el planeta para llegar a otros a los que intentar invadir. Es entonces cuando empieza el colosal combate entre Cloud y Sefirot.

Sefirot derrota a Cloud, pero cuando Sefirot amenaza con destruir todo lo que ama logra recuperarse y usa el "Omnilatigo Versión 5" en el que separa todas las espadas de la original y con las cuales atraviesa a Sephiroth para finalmente vencerlo y este convertirse nuevamente en Kadaj quien cae en las manos de Cloud. El espíritu de Aeris llama a Kadaj, quien al escuchar la voz piensa que es su madre y levanta la mano mientras esta lo manda de nuevo al planeta mediante una una "lluvia" similiar a la que curó a Cloud en la iglesia (de nuevo referencia al límite Gran Evangelio de Aerith en FFVII), que también cura a los enfermos de Geostigma, ya que destruye todo aquello afectado por Jénova. Cuando aparentemente todo está bien, Cloud recibe un disparo por la espalda. Se da la vuelta y se encuentra a Loz y Yazoo que se niegan a rendirse. Cloud los ataca haciendo un último esfuerzo, pero ellos intentan responder produciendo una explosión al tiempo que se desvanecen debido a la "lluvia". Hay que recordar que ellos no eran más que espíritus y células de Jénova, por lo que al ser destruidas estas últimas, su energía vital vuelve al planeta. Cloud entra en una especia de sueño. Ahi escucha las voces de Zack, el cual murio siete años atrás por querer protegerlo de los soldados de Shinra, y también escucha la voz de Aeris. Le dicen que no debe morir aún, y lo "mandan" de vuelta.

Cloud despierta en la iglesia de Aeris, sumergido en el lago formado por agua con corriente vital y con niños a su alrededor. Todos los que no hayan estado bajo la "lluvia" podrían venir a este lago y ser curados usando esa agua. Finalmente, Cloud ve los espíritus de Zack y Aeris en la puerta de la iglesia a la vez que Aeris le pregunta a Cloud si ya esta bien (referencia a los problemas y malos pensamientos de Cloud) a lo cual este sonriendo indica que sí, ya que finalmente se dio cuenta que no está solo.